Kê khai thuế thương mại điện tử là yêu cầu pháp lý then chốt giúp nhà bán hàng chuẩn hóa quy trình vận hành và đảm bảo tính minh bạch dữ liệu trong năm 2026. Việc thực thi đúng nghiệp vụ không chỉ giúp tối ưu hóa nghĩa vụ tài chính mà còn triệt tiêu các rủi ro hậu kiểm từ cơ quan chức năng. Cùng tìm hiểu lộ trình thực hiện bài bản và các lưu ý pháp lý quan trọng để kiện toàn hồ sơ thuế cho gian hàng của bạn ngay sau đây!

Quy định mới về kê khai thuế thương mại điện tử năm 2026

1. Đối tượng bắt buộc kê khai thuế kinh doanh online

Việc xác định đúng đối tượng chịu thuế là nền tảng để thiết lập lộ trình tuân thủ chuẩn xác. Theo quy định hiện hành, các thực thể sau bắt buộc phải thực hiện nghĩa vụ thuế:

• Cá nhân và Hộ kinh doanh: Bao gồm các nhà bán hàng hoạt động trên sàn TMĐT (Shopee, TikTok Shop, Lazada…) và các nền tảng mạng xã hội có phát sinh giao dịch. Đặc biệt lưu ý nhóm hộ kinh doanh theo phương pháp kê khai cần thực hiện chế độ kế toán nghiêm ngặt hơn.
• Doanh nghiệp vận hành TMĐT: Các pháp nhân sở hữu website thương mại điện tử tự vận hành hoặc ứng dụng di động có tích hợp tính năng thanh toán trực tuyến.
• Người bán hàng xuyên biên giới: Các đối tượng phát sinh doanh thu từ việc cung cấp dịch vụ, hàng hóa số cho người dùng tại Việt Nam thông qua các nền tảng quốc tế.

2. Điểm cốt lõi của Nghị định 117/2025/NĐ-CP

Nghị định 117/2025/NĐ-CP đóng vai trò là “kim chỉ nam” cho hoạt động quản lý thuế số năm 2026 với những thay đổi mang tính đột phá:

• Cơ chế khấu trừ tại nguồn: Sàn TMĐT được giao quyền trực tiếp kê khai, khấu trừ và nộp thuế thay cho cá nhân kinh doanh trên nền tảng. Điều này giúp minh bạch hóa doanh thu và giảm thiểu sai sót trong khâu tự quyết toán của người bán.
• Chuẩn hóa định danh (KYC): Yêu cầu bắt buộc về việc đồng bộ thông tin Mã số thuế (MST) và số định danh cá nhân trên hệ thống quản trị sàn (Seller Center). Dữ liệu này phải khớp nối hoàn toàn với cơ sở dữ liệu của Tổng cục Thuế để kích hoạt cơ chế nộp thuế tự động.
• Tính liên thông dữ liệu: Nghị định thiết lập hành lang an toàn cho việc chia sẻ thông tin giữa sàn TMĐT, đơn vị vận chuyển và hệ thống ngân hàng, giúp cơ quan thuế kiểm soát chính xác 100% dòng tiền thực tế phát sinh.

Các sắc thuế và cách tính thuế sàn TMĐT cho hộ kinh doanh

Trong bối cảnh thực thi Nghị định 117/2025/NĐ-CP, cơ chế quản lý thuế đối với nhà bán hàng trên các sàn như Shopee, TikTok Shop, Lazada đã được chuẩn hóa thông qua hệ thống kết nối dữ liệu trực tiếp giữa sàn và Tổng cục Thuế.

1. Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) và Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN)

Đây là hai sắc thuế quan trọng nhất mà hộ kinh doanh phải thực hiện khi phát sinh doanh thu từ hoạt động TMĐT. Hiện nay, cơ chế khấu trừ tại nguồn đang được áp dụng rộng rãi, giúp sàn chủ động thực hiện thay nghĩa vụ cho người bán.

• Đối tượng áp dụng: Cá nhân, hộ kinh doanh có doanh thu từ hoạt động phân phối, cung cấp hàng hóa trên sàn TMĐT vượt ngưỡng 100 triệu đồng/năm.
• Doanh thu tính thuế: Là tổng doanh thu gộp bao gồm giá bán hàng hóa, phí vận chuyển (nếu có), các khoản trợ giá từ sàn và các khoản thu phụ phí khác mà người bán nhận được.

Công thức tính nhanh: 

$$Số thuế phải nộp = Doanh thu tính thuế \times Tỷ lệ thuế suất$$

Ví dụ: Nếu gian hàng của bạn có tổng doanh thu quyết toán trên sàn là 100.000.000 VNĐ, tổng số thuế phải kê khai thuế thương mại điện tử sẽ là: $100.000.000 \times 1,5\% = 1.500.000$ VNĐ.

2. Lệ phí môn bài đối với hộ kinh doanh mới

Lệ phí môn bài là khoản phí định kỳ hàng năm dựa trên mức doanh thu. Tuy nhiên, để khuyến khích tinh thần khởi nghiệp và chuyển đổi số, chính sách thuế năm 2026 duy trì các ưu đãi quan trọng:

Miễn lệ phí môn bài năm đầu tiên: Hộ kinh doanh mới thành lập hoặc mới bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh sẽ được miễn lệ phí môn bài trong năm đầu tiên (tính từ ngày cấp MST hoặc giấy phép kinh doanh).

Mức nộp dựa trên doanh thu (áp dụng từ năm thứ 2):

• Doanh thu trên 500 triệu đồng/năm: 1.000.000 VNĐ/năm.
• Doanh thu từ 300 đến 500 triệu đồng/năm: 500.000 VNĐ/năm.
• Doanh thu từ 100 đến 300 triệu đồng/năm: 300.000 VNĐ/năm.
• Doanh thu dưới 100 triệu đồng/năm: Miễn nộp lệ phí môn bài.

Quy trình kê khai thuế thương mại điện tử chuẩn nghiệp vụ

Trường hợp 1: Sàn TMĐT thực hiện khấu trừ và nộp thay

Đây là cơ chế vận hành trọng tâm đối với các nhà bán hàng trên các sàn có chức năng thanh toán trực tuyến như Shopee, TikTok Shop, Lazada hay Tiki.

Cơ chế thực thi: Theo quy định mới nhất, các sàn TMĐT đóng vai trò là đơn vị trung gian thực hiện khấu trừ tại nguồn. Nghĩa là, khi một đơn hàng được xác nhận hoàn tất, hệ thống của sàn sẽ tự động trích xuất tiền thuế (thông thường là 1,5% bao gồm 1% GTGT và 0,5% TNCN) trước khi chuyển dòng tiền thực nhận về ví của người bán.

Trách nhiệm của nhà bán hàng:

• Cập nhật KYC: Chủ shop phải cung cấp chính xác Mã số thuế (MST) và số định danh cá nhân trên Seller Center để sàn liên thông dữ liệu với Tổng cục Thuế.
• Đối soát biên lai: Định kỳ hàng tháng hoặc hàng quý, nhà bán hàng cần truy cập mục “Quản lý thuế” trên sàn để tải Chứng từ khấu trừ thuế điện tử.

Ưu điểm: Giảm bớt gánh nặng thủ tục hành chính và sai sót trong khâu tự tính toán doanh thu.

Trường hợp 2: Người bán tự kê khai (Website, Facebook, Google)

Đối với các mô hình kinh doanh không thông qua sàn có chức năng khấu trừ (như bán hàng qua Fanpage, Website tự sở hữu hoặc chạy quảng cáo Google), người bán phải chủ động thực hiện toàn bộ quy trình kê khai.

Phương pháp kê khai: Thường áp dụng phương pháp kê khai theo quý hoặc theo từng lần phát sinh đối với hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh.

Công cụ thực hiện: Sử dụng ứng dụng eTax Mobile hoặc cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế để lập tờ khai mẫu 01/CNKD.

Lộ trình thực hiện:

• Bước 1: Tổng hợp doanh thu thực tế từ tất cả các kênh bán hàng (bao gồm cả phí vận chuyển và phụ thu nếu có).
• Bước 2: Lập bảng kê chi tiết hóa đơn, chứng từ đầu ra và đầu vào (đối với hộ kê khai).
• Bước 3: Nộp tờ khai và nộp tiền thuế vào ngân sách nhà nước thông qua ngân hàng liên kết trên ứng dụng thuế.

Thời hạn lưu ý: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng đầu tiên trong quý tiếp theo đối với trường hợp kê khai theo quý.

Hồ sơ và thời hạn kê khai thuế TMĐT cần lưu ý

Dưới đây là các quy chuẩn thực thi cụ thể cho năm 2026:

1. Danh mục hồ sơ kê khai thuế đối với hộ kinh doanh

Trong kỷ nguyên thuế số, việc kê khai thuế thương mại điện tử đã được đơn giản hóa thông qua các chứng từ điện tử, tuy nhiên nhà bán hàng cần chuẩn bị đầy đủ các danh mục sau để phục vụ công tác đối soát và hậu kiểm:

• Tờ khai thuế mẫu số 01/CNKD: Đây là tờ khai dành cho cá nhân, hộ kinh doanh áp dụng cho cả phương pháp khoán và phương pháp kê khai.
• Biên lai khấu trừ thuế điện tử: Đối với nhà bán hàng trên sàn (Shopee, TikTok Shop, Lazada…), biên lai này do sàn phát hành định kỳ, xác nhận số thuế GTGT và TNCN đã được khấu trừ tại nguồn.
• Bảng kê chi tiết doanh thu (Phụ lục 01-1/BK-CNKD): Áp dụng cho hộ kinh doanh theo phương pháp kê khai nhằm chứng minh tính xác thực của dòng tiền thực thu so với dữ liệu trên sàn.
• Hồ sơ định danh điện tử: Bao gồm Mã số thuế (MST) cá nhân/hộ kinh doanh và căn cước công dân đã được đồng bộ hóa trên hệ thống eTax Mobile.
• Chứng từ chi phí hợp lệ (nếu có): Các hóa đơn điện tử đầu vào liên quan đến vận hành, nhập hàng để phục vụ việc giải trình biến động lợi nhuận khi có yêu cầu.

2. Thời hạn nộp tờ khai và nộp thuế năm 2026

Nắm vững thời hạn là “kim chỉ nam” để nhà bán hàng chủ động dòng tiền. Theo quy định quản lý thuế hiện hành, các mốc thời gian kê khai thuế thương mại điện tử năm 2026 được phân định như sau:

Nghiệp vụ đối soát và xử lý sai lệch chứng từ thuế

1. Cách lấy chứng từ khấu trừ thuế từ sàn TMĐT

Theo cơ chế mới, các sàn TMĐT có trách nhiệm khấu trừ, nộp thuế thay và cung cấp chứng từ xác nhận cho người bán. Đây là căn cứ pháp lý quan trọng nhất để bạn thực hiện quyết toán hoặc giảm trừ nghĩa vụ thuế cá nhân cuối năm.

• Bước 1: Truy cập Trung tâm người bán (Seller Center): Đăng nhập vào tài khoản quản trị trên các sàn như Shopee, TikTok Shop hoặc Lazada.
• Bước 2: Quản lý tài chính/Thuế: Tìm đến mục “Tài chính” hoặc “Hồ sơ thuế”. Tại đây, sàn sẽ thiết lập riêng một phân mục về “Chứng từ khấu trừ thuế điện tử”.
• Bước 3: Trích xuất biên lai điện tử: Lựa chọn kỳ kê khai (tháng hoặc quý) và thực hiện tải về các chứng từ dưới định dạng PDF hoặc XML có chữ ký số của sàn.

Lưu ý nghiệp vụ: Các chứng từ này phải khớp với số định danh KYC đã đăng ký ban đầu. Nếu thông tin MST trên biên lai bị sai lệch, bạn cần liên hệ đội ngũ hỗ trợ của sàn để điều chỉnh ngay, tránh việc chứng từ không được cơ quan thuế chấp nhận.

2. Xử lý thuế đối với đơn hàng hủy, trả hàng

Một trong những nghiệp vụ phức tạp nhất khi kê khai thuế thương mại điện tử chính là xử lý dòng thuế của các đơn hàng hoàn (Returns) hoặc đơn hàng hủy sau khi sàn đã thực hiện khấu trừ tại nguồn.

Nguyên tắc cấn trừ: Thuế TMĐT được tính trên doanh thu thực tế phát sinh. Đối với các đơn hàng đã bị khấu trừ thuế nhưng sau đó khách hàng trả hàng hoặc hủy đơn thành công, số tiền thuế này sẽ được hệ thống sàn ghi nhận là “khoản nộp thừa”.

Quy trình xử lý dữ liệu:

• Hệ thống của sàn sẽ tự động thực hiện cấn trừ số thuế đã nộp thừa của đơn hàng hoàn vào kỳ kê khai tiếp theo.
• Người bán cần trích xuất “Báo cáo thu nhập chi tiết” để tách bạch giữa doanh thu gộp và doanh thu thực sau hoàn trả.

Kiểm soát rủi ro: Trong hồ sơ kế toán, bạn phải lưu giữ bằng chứng về việc hoàn hàng (mã vận đơn trả hàng, xác nhận hoàn tiền) để giải trình trong trường hợp cơ quan thuế kiểm tra sự chênh lệch doanh thu giữa tổng dòng tiền và tờ khai thuế.

Rủi ro và xử phạt khi chậm kê khai thuế thương mại điện tử

Sự thiếu chuẩn xác hoặc chậm trễ trong quy trình kê khai thuế thương mại điện tử không chỉ gây gián đoạn dòng tiền mà còn khiến nhà bán hàng đối mặt với các chế tài nghiêm khắc theo quy định pháp luật hiện hành.

• Xử phạt hành chính: Phạt tiền từ 2.000.000đ đến 25.000.000đ đối với hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế tùy theo thời gian vi phạm.
• Tiền chậm nộp: Áp dụng mức tính 0,03%/ngày trên số tiền thuế chậm nộp, tạo ra áp lực tài chính lũy kế nếu không xử lý kịp thời.
• Gián đoạn vận hành: Nguy cơ bị sàn TMĐT tạm ngưng dòng tiền hoặc khóa gian hàng do không hoàn thành cập nhật định danh và nghĩa vụ thuế theo quy định.
• Rủi ro hậu kiểm: Bị đưa vào danh sách theo dõi trọng điểm của cơ quan thuế, dẫn đến việc thanh tra, kiểm tra hồ sơ kinh doanh định kỳ khắt khe hơn.
• Hạn chế hạ tầng: Ảnh hưởng đến việc xuất hóa đơn điện tử và các giao dịch kinh tế đòi hỏi tính minh bạch về pháp nhân trong tương lai.

VAR eCOM – Giải pháp tối ưu kê khai thuế thương mại điện tử chuyên nghiệp

VAR eCOM khẳng định vị thế đơn vị tư vấn Kế toán – Thuế chuyên sâu cho lĩnh vực thương mại điện tử tại Việt Nam với bề dày kinh nghiệm từ năm 2017. Chúng tôi sở hữu đội ngũ chuyên gia am hiểu tường tận thuật toán vận hành của các sàn TMĐT và các biến động mới nhất trong chính sách pháp luật, hỗ trợ hàng nghìn nhà bán hàng xây dựng hệ thống quản trị tài chính minh bạch.

Giải pháp của VAR eCOM giúp doanh nghiệp giải quyết triệt để bài toán thuế: từ rà soát doanh thu, đối soát dữ liệu sàn đến đại diện quyết toán thuế cuối năm. Chúng tôi cam kết bảo vệ hành lang an toàn pháp lý cao nhất, giúp khách hàng tối ưu dòng tiền và chủ động loại bỏ các rủi ro truy thu trong mọi kỳ thanh tra.

Thông tin liên hệ VAR eCOM:

• Địa chỉ: 38 Đường số 53, KDC Tân Quy Đông, P. Tân Hưng, Tp.Hồ Chí Minh
• Hotline: 082.6868.007
• Email: info@varecom.vn
• Website: https://varecom.vn/

Lời kết

Việc chủ động kê khai thuế thương mại điện tử chuẩn quy trình là yếu tố sống còn để nhà bán hàng thiết lập nền tảng tài chính minh bạch và an toàn pháp lý năm 2026. Hãy để VAR eCOM cùng bạn kiện toàn hệ thống chứng từ và tối ưu hóa nghĩa vụ thuế bằng những giải pháp tư vấn nghiệp vụ chuyên sâu, chuyên nghiệp. Liên hệ ngay với chúng tôi để hành trình bứt phá doanh số của bạn luôn diễn ra suôn sẻ, bền vững và đúng quy định pháp luật!