Vì sao đến cuối năm, nhiều shop bán hàng đa sàn mới phát hiện hàng trăm triệu đồng chi phí quảng cáo, KOL không đủ chứng từ hợp lệ để đưa vào quyết toán thuế TMĐT? Đây là tình huống lặp lại mỗi năm với hộ kinh doanh và doanh nghiệp bán hàng đa sàn tại Việt Nam.

Quyết toán thuế TMĐT không chỉ là nộp tờ khai đúng hạn. Đó là quá trình đối soát doanh thu sàn, chuẩn hóa hồ sơ chi phí và tính đúng thuế thu nhập doanh nghiệp cho một năm tài chính. Bài viết trình bày 5 bước quyết toán thuế TMĐT chuẩn 2026, các sai sót thường gặp và cách chuẩn bị hồ sơ để không bị loại chi phí khi cơ quan thuế kiểm tra.

Quyết toán thuế TMĐT là gì? Những điều cơ bản cần biết

Quyết toán thuế TMĐT là việc tổng hợp toàn bộ doanh thu, chi phí và nghĩa vụ thuế phát sinh trong một năm tài chính của hộ kinh doanh hoặc doanh nghiệp bán hàng trên các sàn thương mại điện tử như Shopee, TikTok Shop, Lazada. Kết quả của quyết toán thuế TMĐT là số thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) phải nộp thêm, được hoàn lại, hoặc số thuế của hộ kinh doanh cho cả năm.

Với doanh nghiệp, quyết toán thuế TMĐT dựa trên tờ khai quyết toán thuế TNDN, nộp trong vòng 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Với hộ kinh doanh áp dụng phương pháp kê khai, quyết toán thuế TMĐT là bước tổng hợp doanh thu theo quý đã kê khai để xác định số thuế còn phải nộp hoặc được điều chỉnh giảm.

Điểm khác biệt lớn nhất của quyết toán thuế TMĐT so với quyết toán thuế thông thường nằm ở nguồn dữ liệu doanh thu. Doanh thu không đến từ hóa đơn bán hàng trực tiếp như cửa hàng offline, mà đến từ báo cáo settlement của từng sàn, sau khi sàn đã trừ phí hoa hồng, phí thanh toán, voucher trợ giá và phí Freeship Xtra.

Nếu không đối soát đúng, số liệu quyết toán thuế TMĐT trên sổ sách sẽ lệch với dữ liệu mà sàn TMĐT gửi cho cơ quan thuế. Đây chính là điểm cơ quan thuế soi đầu tiên khi thanh tra, kiểm tra hồ sơ quyết toán thuế TMĐT của một shop bán hàng đa kênh.

Nguyên tắc và điều kiện quyết toán thuế TMĐT đúng luật

Bốn nguyên tắc nền tảng khi làm quyết toán thuế TMĐT gồm: ghi nhận doanh thu đúng kỳ, chi phí phải có hóa đơn chứng từ hợp lệ, số liệu sổ sách phải khớp với dữ liệu sàn báo cáo cơ quan thuế, và mọi khoản chi thực tế phải chứng minh được bằng hồ sơ đầy đủ.

Nguyên tắc ghi nhận đúng kỳ đặc biệt quan trọng khi hóa đơn đầu vào về trễ, rơi sang năm sau. Theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP Điều 9, đây không đương nhiên là chi phí bị loại khi quyết toán thuế TMĐT. Đây là vấn đề ghi nhận đúng kỳ theo nguyên tắc phù hợp doanh thu, chi phí, và từng trường hợp cần xem xét hồ sơ cụ thể trước khi kết luận.

Về hóa đơn điện tử, Thông tư 78/2021/TT-BTC cho phép ngày lập hóa đơn khác ngày ký số trong một số trường hợp. Tuy nhiên thời điểm kê khai thuế xác định theo ngày lập, không phải ngày ký. Kế toán làm quyết toán thuế TMĐT cần phân biệt rõ hai mốc thời gian này để tránh kê khai sai kỳ tính thuế.

Điều kiện bắt buộc khác của quyết toán thuế TMĐT là chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho các khoản chi từ 5 triệu đồng trở lên (theo quy định hiện hành về hóa đơn, chứng từ). Thanh toán tiền mặt vượt ngưỡng là lý do phổ biến khiến chi phí bị loại khi quyết toán thuế TMĐT của nhiều shop chi mạnh cho quảng cáo, KOL.

Vì sao doanh nghiệp TMĐT phải chuẩn bị quyết toán thuế TMĐT cẩn thận?

Shop bán hàng đa sàn thường không thiếu doanh thu, mà thiếu hệ thống kiểm soát khiến quyết toán thuế TMĐT trở thành thời điểm rủi ro nhất trong năm. Hai nhóm rủi ro lớn nhất nằm ở hộ kinh doanh quy mô lớn và doanh nghiệp chi mạnh cho quảng cáo, KOL.

Rủi ro với hộ kinh doanh TMĐT doanh thu lớn

Hộ kinh doanh bán đa sàn với doanh thu từ 3 tỷ đồng/năm trở lên áp dụng phương pháp kê khai, không còn thuế khoán. Theo Luật Thuế thu nhập cá nhân 109/2025/QH15 Điều 7 khoản 3, tỷ lệ % thuế TNCN được tính riêng theo từng ngành nghề, tách biệt với thuế GTGT theo Luật Thuế giá trị gia tăng 48/2024.

Nhiều hộ kinh doanh vẫn áp dụng tỷ lệ gộp kiểu thuế khoán cũ khi tự tính, dẫn đến số thuế quyết toán thuế TMĐT bị sai lệch so với quy định hiện hành. Đây là lỗi phổ biến khi hộ kinh doanh tự làm quyết toán thuế TMĐT mà không cập nhật khung thuế mới theo ngành nghề kinh doanh.

Rủi ro với chi phí quảng cáo, KOL khi quyết toán thuế TMĐT

Doanh nghiệp chi 600 triệu đến 1,5 tỷ đồng mỗi tháng cho quảng cáo và KOL thường gặp rủi ro lớn nhất khi quyết toán thuế TMĐT: chi phí thật nhưng thiếu hồ sơ hợp lệ để được công nhận. Hai lỗi lặp lại nhiều nhất liên quan đến hóa đơn nền tảng nước ngoài và khấu trừ thuế thu nhập cá nhân cho KOL, freelancer.

Theo Công văn 3115/TCT-CS, hóa đơn từ nền tảng nước ngoài như Meta, TikTok, Google không phải là hóa đơn giá trị gia tăng của Việt Nam. Khoản chi này chỉ được tính là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào dù hóa đơn có ghi tên và mã số thuế công ty.

Với KOL, freelancer nhận thù lao qua chuyển khoản cá nhân, Thông tư 111/2013/TT-BTC Điều 25 quy định khấu trừ 10% thuế TNCN áp dụng cho cá nhân không có hợp đồng lao động, hoặc hợp đồng dưới 3 tháng. Bỏ sót bước khấu trừ này khiến khoản chi phí KOL dễ bị loại khi quyết toán thuế TMĐT cuối năm.

Trình tự 5 bước quyết toán thuế TMĐT chuẩn 2026

Quy trình quyết toán thuế TMĐT gồm 5 bước, thực hiện theo thứ tự để tránh sót dữ liệu và tránh phải làm lại khi phát hiện chênh lệch vào phút cuối.

Bước 1: Đối soát doanh thu sàn với tiền thực nhận

Lấy báo cáo thanh toán (settlement report) của từng sàn theo tổng giá trị đơn hàng (GMV), không dùng số tiền chuyển khoản thực nhận để ghi nhận doanh thu. Với TikTok Shop, sàn khấu trừ toàn bộ phí trước khi chuyển tiền theo chu kỳ 7 đến 15 ngày, nên tiền về tài khoản luôn thấp hơn doanh thu thực.

Ghi nhận doanh thu theo GMV là bước đầu tiên và quan trọng nhất của quyết toán thuế TMĐT, vì đây là con số cơ quan thuế đối chiếu với dữ liệu do sàn cung cấp.

Bước 2: Chuẩn hóa hồ sơ 6 nhóm chi phí

Sáu nhóm chi phí cần chuẩn hóa hồ sơ trước khi quyết toán thuế TMĐT gồm: giá vốn hàng nhập, phí sàn và phí thanh toán, chi phí quảng cáo và KOL, chi phí nhân sự, chi phí kho vận, và chi phí dịch vụ thuê ngoài. Mỗi nhóm cần hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán tương ứng.

Thiếu một trong ba chứng từ này ở bất kỳ nhóm chi phí nào đều làm tăng rủi ro bị loại chi phí khi quyết toán thuế TMĐT.

Bước 3: Kiểm tra hóa đơn đầu vào đúng kỳ

Rà soát hóa đơn đầu vào của tháng 12 và các hóa đơn về trễ sang năm sau. Với hóa đơn phí dịch vụ sàn như Shopee, cần chủ động tải trong Seller Center trước ngày 10 hàng tháng, vì sàn không tự gửi hóa đơn qua email.

Bước này quyết định việc quyết toán thuế TMĐT có đủ chứng từ khấu trừ chi phí hoa hồng sàn hay không, đặc biệt với shop có doanh thu từ 500 triệu đồng/tháng trở lên.

Bước 4: Tính và kê khai thuế TNDN, đối chiếu số tạm nộp

Tổng hợp doanh thu, chi phí được trừ theo 6 nhóm ở bước 2, tính thu nhập chịu thuế và so sánh với số thuế TNDN đã tạm nộp theo quý. Chênh lệch giữa số tạm nộp và số quyết toán thuế TMĐT cuối năm là căn cứ để nộp bổ sung hoặc đề nghị hoàn.

Bước 5: Lưu trữ chứng từ và chuẩn bị hồ sơ giải trình

Toàn bộ chứng từ phục vụ quyết toán thuế TMĐT cần lưu trữ đủ thời hạn theo quy định về chứng từ kế toán, sắp xếp theo tháng và theo nhóm chi phí. Khi cơ quan thuế yêu cầu giải trình, hồ sơ sắp xếp rõ ràng giúp rút ngắn thời gian kiểm tra và giảm rủi ro bị ấn định thuế.

Chuyển đổi hộ kinh doanh lên doanh nghiệp ảnh hưởng gì đến quyết toán thuế TMĐT

Hộ kinh doanh tăng trưởng nhanh, doanh thu tăng gấp đôi trong 6 tháng, thường gặp tình trạng số liệu chậm 1 đến 2 tháng ngay trước kỳ quyết toán thuế TMĐT. Nguyên nhân phổ biến là hệ thống đối soát và xuất hóa đơn không theo kịp tốc độ bán hàng đa sàn.

Khi hộ kinh doanh chuyển đổi sang loại hình doanh nghiệp giữa năm, kỳ quyết toán thuế TMĐT của năm đó phải tách riêng giai đoạn hộ kinh doanh và giai đoạn doanh nghiệp, với hai bộ hồ sơ, hai phương pháp tính thuế khác nhau. Doanh nghiệp cần rà soát tồn kho, công nợ trước thời điểm chuyển đổi để tránh sai số khi quyết toán thuế TMĐT năm đầu tiên hoạt động dưới tư cách doanh nghiệp.

Những sai sót thường gặp khi quyết toán thuế TMĐT

Ba sai sót lặp lại nhiều nhất khi doanh nghiệp và hộ kinh doanh tự làm quyết toán thuế TMĐT: ghi nhận doanh thu theo tiền chuyển khoản thay vì GMV, khấu trừ VAT trên hóa đơn nền tảng nước ngoài dù không được phép, và bỏ sót khấu trừ 10% TNCN cho KOL nhận thù lao qua chuyển khoản cá nhân.

Một sai sót khác là không đối soát tồn kho theo từng shop, từng SKU trước khi quyết toán thuế TMĐT. Giá vốn hàng bán tính sai khi tồn kho trên sàn không khớp tồn kho thực tế, kéo theo lợi nhuận và số thuế TNDN quyết toán thuế TMĐT bị lệch so với thực tế kinh doanh.

Việc tự tính tỷ lệ % thuế theo khung cũ, dùng tài khoản cá nhân lẫn lộn với tài khoản kinh doanh, hoặc thiếu hợp đồng bằng văn bản với KOL, đơn vị quảng cáo, cũng là nguyên nhân phổ biến khiến quyết toán thuế TMĐT bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình thêm.

Các câu hỏi thường gặp về quyết toán thuế TMĐT

Quyết toán thuế TMĐT khác gì kê khai thuế TMĐT hàng quý?

Kê khai thuế TMĐT là nghĩa vụ nộp tờ khai và tạm nộp thuế theo từng quý trong năm. Quyết toán thuế TMĐT là bước tổng hợp lại toàn bộ năm tài chính, đối chiếu số đã tạm nộp với số thuế thực tế phải nộp, từ đó xác định nộp bổ sung hay được hoàn.

Thời hạn quyết toán thuế TMĐT là khi nào?

Với doanh nghiệp, thời hạn nộp hồ sơ quyết toán thuế TMĐT là 90 ngày kể từ ngày kết thúc năm tài chính. Hộ kinh doanh áp dụng phương pháp kê khai thực hiện theo lịch tổng hợp doanh thu quý IV và cả năm theo hướng dẫn của cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Chi phí quảng cáo Facebook, TikTok có được tính khi quyết toán thuế TMĐT không?

Có, nhưng chỉ được tính là chi phí được trừ khi tính thuế TNDN, không được khấu trừ thuế GTGT vì đây không phải hóa đơn giá trị gia tăng của Việt Nam. Doanh nghiệp cần hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để chứng minh khoản chi này khi quyết toán thuế TMĐT.

Hóa đơn về trễ sang năm sau có bị loại khi quyết toán thuế TMĐT không?

Không đương nhiên bị loại. Đây là vấn đề ghi nhận đúng kỳ kế toán, cần xem xét từng hồ sơ cụ thể theo nguyên tắc phù hợp doanh thu, chi phí, thay vì mặc định loại bỏ toàn bộ khoản chi liên quan.

Lời kết

Quyết toán thuế TMĐT là bài kiểm tra cuối năm cho toàn bộ hệ thống kiểm soát tài chính của một shop bán hàng đa sàn, không chỉ là một tờ khai thuế. Đối soát doanh thu theo GMV, chuẩn hóa hồ sơ 6 nhóm chi phí, và lưu trữ chứng từ đầy đủ là ba việc quyết định kết quả quyết toán thuế TMĐT có suôn sẻ hay không.

Với doanh nghiệp và hộ kinh doanh TMĐT doanh thu 15 tỷ đồng/năm trở lên, bán đa sàn Shopee, TikTok Shop, Lazada, việc cần làm là xây dựng quy trình đối soát và hồ sơ chi phí chuẩn xuyên suốt cả năm. Thay vì dồn lại xử lý vào thời điểm quyết toán thuế TMĐT, dữ liệu cần được chuẩn hóa ngay từ đầu năm.

VAR eCOM đồng hành cùng 500+ doanh nghiệp TMĐT chuẩn hóa dữ liệu đầu vào, đối soát đa sàn và xây dựng bộ hồ sơ bảo vệ chi phí theo đúng 6 nhóm. Mục tiêu là giúp quyết toán thuế TMĐT không còn là thời điểm bất ngờ mỗi năm. Liên hệ hotline 082 6868 007 hoặc zalo.me/varecom để được rà soát hồ sơ quyết toán thuế TMĐT miễn phí.

Tham khảo thêm quy trình đầy đủ tại bài hướng dẫn quyết toán thuế TNDN chi tiết 2026 và danh mục chi phí không được trừ khi tính thuế TNDN.

Xem thêm rủi ro truy thu thuế bán hàng online và quy định thời gian lưu trữ chứng từ kế toán mới nhất. Có thể đối chiếu quy định gốc tại Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế hoặc Cổng thông tin điện tử Chính phủ.