Lưu trữ hóa đơn điện tử bao lâu là đủ, và lưu ở đâu mới đúng luật? Đây là câu hỏi mà rất nhiều hộ kinh doanh và doanh nghiệp thương mại điện tử đang loay hoay tìm lời giải. Việc lưu trữ hóa đơn điện tử không đơn thuần là giữ lại một file PDF trên máy tính.
Nếu lưu trữ hóa đơn điện tử sai định dạng, thiếu thời hạn hoặc không đảm bảo tính toàn vẹn dữ liệu, doanh nghiệp có thể gặp rắc rối lớn khi quyết toán thuế hoặc bị thanh tra.
Bài viết tổng hợp đầy đủ quy định lưu trữ hóa đơn điện tử hiện hành, thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử theo từng loại chứng từ, hóa đơn điện tử lưu trữ ở đâu theo luật, cùng quy trình lưu trữ hóa đơn điện tử an toàn dành riêng cho hộ kinh doanh và doanh nghiệp TMĐT đa sàn.
Lưu trữ hóa đơn điện tử là gì?
Lưu trữ hóa đơn điện tử là quá trình bảo quản dữ liệu hóa đơn dưới định dạng điện tử trong suốt thời gian theo quy định của pháp luật kế toán. Khác với hóa đơn giấy, việc lưu trữ hóa đơn điện tử không dừng lại ở một bản in hay một file PDF chụp lại.
Bản chất của lưu trữ hóa đơn điện tử là giữ nguyên vẹn dữ liệu gốc dạng file XML, có chữ ký số, có khả năng tra cứu và đối chiếu bất cứ lúc nào. Đây là điểm khác biệt lớn nhất so với cách lưu hóa đơn giấy truyền thống.
Với hộ kinh doanh và doanh nghiệp thương mại điện tử bán hàng đa sàn, số lượng hóa đơn phát sinh mỗi tháng có thể lên tới hàng nghìn hóa đơn. Nếu không tổ chức lưu trữ hóa đơn điện tử ngay từ đầu, việc tìm lại một hóa đơn cụ thể khi cơ quan thuế yêu cầu sẽ rất mất thời gian.
Ví dụ, một shop bán hàng trên Shopee với doanh thu 5 tỷ đồng mỗi tháng có thể phát sinh vài nghìn hóa đơn điện tử. Nếu việc lưu trữ hóa đơn điện tử không có hệ thống rõ ràng, việc tổng hợp báo cáo cuối năm sẽ mất rất nhiều thời gian, thậm chí phát sinh sai lệch khi đối chiếu với dữ liệu sàn.
Vì sao lưu trữ hóa đơn điện tử đúng quy định lại quan trọng
Nhiều chủ hộ kinh doanh nghĩ rằng chỉ cần xuất hóa đơn điện tử thành công là xong, không cần quan tâm thêm việc lưu trữ hóa đơn điện tử về sau. Đây là suy nghĩ khiến không ít người gặp rắc rối khi quyết toán thuế.
Khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra, việc đầu tiên họ yêu cầu cung cấp thường là hóa đơn điện tử gốc kèm bảng kê liên quan. Nếu doanh nghiệp không lưu trữ hóa đơn điện tử đầy đủ, hồ sơ chi phí tương ứng có nguy cơ bị loại khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Lưu trữ hóa đơn điện tử đúng cách còn giúp doanh nghiệp tự bảo vệ mình trong các tình huống tranh chấp với khách hàng, đối tác hoặc đơn vị vận chuyển. Một hóa đơn được lưu trữ đầy đủ, đúng định dạng chính là bằng chứng pháp lý vững chắc nhất.
Quy định lưu trữ hóa đơn điện tử theo pháp luật hiện hành
Hóa đơn điện tử lưu trữ theo thông tư nào, nghị định nào
Nhiều hộ kinh doanh và kế toán mới vào nghề thường thắc mắc hóa đơn điện tử lưu trữ theo thông tư nào để tra cứu cho nhanh. Trên thực tế, không có một thông tư riêng lẻ quy định toàn bộ việc lưu trữ hóa đơn điện tử.
Quy định lưu trữ hóa đơn điện tử hiện nay được đặt trong tổng thể quy định về bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán theo Luật Kế toán, kết hợp với các quy định chuyên biệt về hóa đơn, chứng từ tại Nghị định 123/2020/NĐ-CP, đã được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
Vì vậy, thay vì tìm một thông tư duy nhất, hộ kinh doanh và doanh nghiệp nên xem lưu trữ hóa đơn điện tử là một phần của toàn bộ hệ thống lưu trữ chứng từ kế toán, tuân thủ đồng thời cả quy định về kế toán và quy định chuyên ngành về hóa đơn.
Nếu chưa chắc chắn văn bản áp dụng cho trường hợp cụ thể của mình, nên tra cứu trực tiếp theo quy định hiện hành trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế hoặc nhờ đơn vị kế toán chuyên môn kiểm tra lại, thay vì tự suy đoán.
Đối tượng nào bắt buộc phải lưu trữ hóa đơn điện tử
Tất cả tổ chức, doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đã sử dụng hóa đơn điện tử đều thuộc đối tượng bắt buộc lưu trữ hóa đơn điện tử theo quy định hiện hành. Điều này áp dụng không phân biệt quy mô doanh thu hay phương pháp kê khai thuế.
Với hộ kinh doanh bán hàng trên Shopee, TikTok Shop, Lazada, nghĩa vụ lưu trữ hóa đơn điện tử càng quan trọng hơn vì số lượng hóa đơn phát sinh mỗi ngày rất lớn. Việc bỏ sót lưu trữ hóa đơn điện tử dù chỉ một vài ngày cũng có thể tạo lỗ hổng dữ liệu khó bù đắp.
Thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử là bao lâu
Lưu trữ hóa đơn điện tử bao nhiêu năm theo từng loại chứng từ
Theo Luật Kế toán hiện hành, tài liệu kế toán nói chung, bao gồm hóa đơn điện tử, được chia thành ba nhóm thời hạn lưu trữ: tối thiểu 5 năm, tối thiểu 10 năm và lưu trữ vĩnh viễn, tùy theo tính chất và vai trò của từng loại chứng từ.
Phần lớn hóa đơn điện tử phục vụ quản lý, điều hành phát sinh trong kỳ kế toán năm thuộc nhóm lưu trữ tối thiểu 5 năm. Trong khi đó, các chứng từ dùng để ghi sổ kế toán, lập báo cáo tài chính, quyết toán thuế thường cần lưu trữ hóa đơn điện tử tối thiểu 10 năm.
Một số ít tài liệu có tính chất lịch sử, đặc biệt quan trọng về kinh tế mới thuộc diện lưu trữ vĩnh viễn. Với đa số hộ kinh doanh và doanh nghiệp TMĐT, mốc cần nhớ nhất là lưu trữ hóa đơn điện tử tối thiểu 10 năm để phục vụ quyết toán và hậu kiểm.
Điều gì xảy ra nếu lưu trữ hóa đơn điện tử không đủ thời hạn
Nếu lưu trữ hóa đơn điện tử không đủ thời hạn theo quy định, doanh nghiệp có thể bị xử phạt vi phạm hành chính về kế toán khi bị kiểm tra. Mức phạt cụ thể phụ thuộc vào mức độ vi phạm và cần tra cứu theo quy định hiện hành tại thời điểm xử lý.
Nghiêm trọng hơn, khi thiếu hóa đơn điện tử làm căn cứ, doanh nghiệp có thể bị loại toàn bộ chi phí tương ứng khi quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp, kéo theo số thuế phải nộp tăng vọt so với dự tính ban đầu.
Hóa đơn điện tử lưu trữ ở đâu theo luật
Lưu trữ trên hệ thống của nhà cung cấp hóa đơn điện tử
Cách phổ biến nhất hiện nay là lưu trữ hóa đơn điện tử ngay trên hệ thống của nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử mà doanh nghiệp đang sử dụng. Các đơn vị này thường cam kết lưu trữ hóa đơn điện tử trong suốt thời gian hợp đồng, kèm chức năng tra cứu, tải lại khi cần.
Tuy nhiên, hộ kinh doanh và doanh nghiệp không nên phụ thuộc hoàn toàn vào một nhà cung cấp duy nhất. Nếu ngừng sử dụng dịch vụ hoặc nhà cung cấp gặp sự cố kỹ thuật, dữ liệu lưu trữ hóa đơn điện tử có thể bị gián đoạn truy cập.
Lưu trữ song song trên hạ tầng riêng của doanh nghiệp
Bên cạnh hệ thống nhà cung cấp, việc chủ động lưu trữ hóa đơn điện tử thêm một bản sao trên hạ tầng riêng, ví dụ máy chủ nội bộ hoặc kho lưu trữ đám mây độc lập, là cách làm được khuyến nghị.
Cách làm này giúp doanh nghiệp chủ động toàn bộ dữ liệu lưu trữ hóa đơn điện tử, không phụ thuộc vào bất kỳ bên thứ ba nào. Đây cũng là nguyên tắc mà nhiều doanh nghiệp TMĐT quy mô lớn đang áp dụng để tránh rủi ro mất dữ liệu khi chuyển đổi phần mềm hoặc chuyển đổi kế toán.
Với hộ kinh doanh muốn tìm hiểu thêm về nơi bảo quản chứng từ nói chung, có thể tham khảo thêm bài viết Hộ kinh doanh lưu trữ chứng từ kế toán ở đâu? Cách bảo quản đúng quy định để hiểu rõ hơn nguyên tắc áp dụng chung.
Cách lưu trữ hóa đơn điện tử đúng chuẩn, an toàn
Định dạng file cần lưu khi lưu trữ hóa đơn điện tử
Sai lầm phổ biến nhất là chỉ lưu trữ hóa đơn điện tử dưới dạng file PDF để tiện xem và in. Trên thực tế, file PDF chỉ là bản thể hiện, không phải bản gốc có giá trị pháp lý đầy đủ.
Bản gốc cần lưu trữ hóa đơn điện tử là file dữ liệu định dạng XML, kèm chữ ký số của bên phát hành. Khi lưu trữ hóa đơn điện tử, nên giữ đồng thời cả file XML và file PDF thể hiện để thuận tiện tra cứu, đối chiếu hàng ngày.
Công cụ hỗ trợ lưu trữ hóa đơn điện tử
Ngoài phần mềm của nhà cung cấp hóa đơn điện tử, nhiều hộ kinh doanh quy mô nhỏ vẫn quen dùng thêm bảng Excel để theo dõi danh sách hóa đơn theo tháng, theo sàn bán hàng.
Với doanh nghiệp TMĐT đa sàn, quy mô lớn, việc lưu trữ hóa đơn điện tử nên gắn liền với phần mềm kế toán có khả năng đồng bộ dữ liệu tự động, thay vì chỉ dựa vào thao tác thủ công dễ sai sót của một vài nhân sự.
Quy trình lưu trữ hóa đơn điện tử từng bước
Bước 1, tải toàn bộ hóa đơn điện tử phát sinh trong tháng từ hệ thống phát hành hoặc phần mềm kế toán đang sử dụng, gồm cả file XML và PDF.
Bước 2, sắp xếp và đặt tên file lưu trữ hóa đơn điện tử theo cấu trúc thống nhất, ví dụ theo tháng, theo sàn bán hàng, theo mã số thuế người mua, để dễ tra cứu về sau.
Bước 3, sao lưu dữ liệu lưu trữ hóa đơn điện tử định kỳ sang ít nhất một hệ thống lưu trữ độc lập, tránh tình trạng chỉ có một bản duy nhất trên một thiết bị.
Bước 4, đối chiếu định kỳ giữa số lượng hóa đơn điện tử đã lưu trữ với số liệu bán hàng thực tế trên từng sàn, kịp thời phát hiện hóa đơn bị thiếu hoặc trùng lặp.
Những sai lầm thường gặp khi lưu trữ hóa đơn điện tử
Sai lầm đầu tiên là chỉ lưu trữ hóa đơn điện tử dạng bản in hoặc ảnh chụp màn hình, không giữ file dữ liệu gốc. Khi cần đối chiếu chi tiết hoặc xuất trình cho cơ quan thuế, những bản này không được công nhận là chứng từ hợp lệ đầy đủ.
Sai lầm thứ hai là để phần mềm hoặc nhà cung cấp hóa đơn điện tử tự động xóa dữ liệu cũ sau khi hết hạn hợp đồng, trong khi thời hạn lưu trữ hóa đơn điện tử theo luật vẫn còn hiệu lực. Doanh nghiệp cần chủ động kiểm tra chính sách lưu trữ hóa đơn điện tử của nhà cung cấp trước khi ký hợp đồng.
Sai lầm thứ ba là không phân quyền truy cập rõ ràng khi lưu trữ hóa đơn điện tử, dẫn đến rủi ro dữ liệu bị chỉnh sửa nhầm hoặc mất mát khi nhân sự nghỉ việc, bàn giao không đầy đủ.
Sai lầm thứ tư là gộp chung dữ liệu của nhiều shop, nhiều mã số thuế vào cùng một thư mục lưu trữ hóa đơn điện tử không phân tách rõ ràng, khiến việc đối chiếu riêng từng shop trở nên khó khăn khi cần giải trình với cơ quan thuế.
Lưu trữ hóa đơn điện tử cho hộ kinh doanh và doanh nghiệp TMĐT đa sàn có gì khác biệt
Với hộ kinh doanh bán hàng trên một sàn duy nhất, việc lưu trữ hóa đơn điện tử tương đối đơn giản vì số lượng hóa đơn phát sinh còn giới hạn. Nhưng với doanh nghiệp TMĐT đa sàn, vận hành hàng nghìn đơn mỗi ngày trên Shopee, TikTok Shop, Lazada song song, bài toán lưu trữ hóa đơn điện tử phức tạp hơn nhiều.
Mỗi sàn có chu kỳ đối soát, chu kỳ xuất hóa đơn khác nhau. Nếu không có quy trình lưu trữ hóa đơn điện tử thống nhất giữa các sàn, rất dễ xảy ra tình trạng thiếu sót hoặc trùng lặp dữ liệu khi tổng hợp báo cáo cuối tháng.
Ngoài ra, hàng hoàn, đơn hủy, điều chỉnh giá sau khuyến mãi cũng phát sinh hóa đơn điều chỉnh cần lưu trữ hóa đơn điện tử kèm theo hóa đơn gốc để giải trình khi cần. Đây chính là điểm mà nhiều kế toán thông thường, chưa quen với nghiệp vụ thương mại điện tử, dễ bỏ sót.
Với mô hình vận hành nhiều shop trên nhiều sàn cùng lúc, việc tổ chức lưu trữ hóa đơn điện tử theo từng shop, từng sàn riêng biệt còn giúp chủ doanh nghiệp dễ dàng tách bạch doanh thu, chi phí để đánh giá shop nào đang thực sự hiệu quả.
Nếu muốn tìm hiểu thêm cách xử lý hóa đơn phát sinh từ máy tính tiền, có thể tham khảo Hướng dẫn đăng ký hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền hoặc Xử lý sai sót hóa đơn điện tử từ máy tính tiền đúng Nghị định 70/2025/NĐ-CP để hiểu thêm về quy trình liên quan.
Kiểm soát lưu trữ hóa đơn điện tử an toàn cùng VAR eCOM
Với các hộ kinh doanh và doanh nghiệp TMĐT doanh thu lớn, đa sàn, đa kho, việc lưu trữ hóa đơn điện tử không thể chỉ dừng lại ở thao tác tải file thủ công mỗi tháng. Dữ liệu cần được chuẩn hóa ngay từ đầu vào, đồng bộ với dữ liệu bán hàng, dữ liệu đối soát dòng tiền từng sàn.
Việc cần làm là xây dựng một hệ thống kiểm soát lưu trữ hóa đơn điện tử gắn liền với quy trình chuẩn hóa dữ liệu đầu vào và đối soát đa kênh, thay vì xử lý rời rạc từng phần việc riêng lẻ như cách làm của kế toán thông thường.
Đây cũng là lý do VAR eCOM xây dựng quy trình chuẩn hóa dữ liệu đầu vào và đối soát đa kênh, đa sàn ngay từ bước tiếp nhận hóa đơn điện tử, giúp hộ kinh doanh và doanh nghiệp TMĐT kiểm soát được toàn bộ dữ liệu lưu trữ hóa đơn điện tử của mình, tự chủ tra cứu bất cứ lúc nào mà không phụ thuộc vào một cá nhân hay một nhà cung cấp duy nhất.
Toàn bộ dữ liệu, bao gồm dữ liệu lưu trữ hóa đơn điện tử, đều được đặt trên tài khoản phần mềm kế toán riêng của khách hàng. Điều này có nghĩa quyền sở hữu dữ liệu luôn thuộc về hộ kinh doanh và doanh nghiệp, không bị giữ lại bởi bất kỳ đơn vị cung cấp dịch vụ nào.
Câu hỏi thường gặp về lưu trữ hóa đơn điện tử
Lưu trữ hóa đơn điện tử bao nhiêu năm là đủ theo quy định hiện hành?
Phần lớn hóa đơn điện tử phục vụ ghi sổ, quyết toán thuế cần lưu trữ hóa đơn điện tử tối thiểu 10 năm. Một số tài liệu quản lý, điều hành chỉ cần lưu trữ tối thiểu 5 năm, tùy theo tính chất chứng từ.
Hóa đơn điện tử lưu trữ ở đâu là an toàn nhất?
Nên lưu trữ hóa đơn điện tử song song ở hai nơi: hệ thống của nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử và một hạ tầng lưu trữ độc lập do doanh nghiệp tự quản lý, để tránh phụ thuộc hoàn toàn vào một bên duy nhất.
Mất dữ liệu lưu trữ hóa đơn điện tử phải xử lý thế nào?
Cần liên hệ ngay nhà cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử để được hỗ trợ khôi phục dữ liệu, đồng thời rà soát lại toàn bộ hóa đơn điện tử đã lưu trữ ở các nguồn dự phòng khác để đối chiếu, bổ sung kịp thời.
Kết luận
Lưu trữ hóa đơn điện tử không phải công việc phát sinh một lần rồi thôi, mà là một quy trình cần duy trì liên tục, đúng thời hạn, đúng định dạng trong suốt vòng đời hoạt động của hộ kinh doanh và doanh nghiệp.
Càng vận hành đa sàn, đa kênh, việc lưu trữ hóa đơn điện tử càng cần được chuẩn hóa sớm để tránh rủi ro khi quyết toán thuế hoặc bị thanh tra, kiểm tra bất ngờ.
Nếu cần rà soát lại toàn bộ quy trình lưu trữ hóa đơn điện tử hiện tại của mình, hộ kinh doanh và doanh nghiệp TMĐT có thể tham khảo thêm quy định liên quan tại Quy định thời gian lưu trữ các chứng từ kế toán mới nhất 2026 hoặc tra cứu văn bản gốc tại Thư viện Pháp luật.
