Quyết toán thuế là gì? Khi nào cơ quan thuế đến kiểm tra doanh nghiệp? Kinh nghiệm khi quyết toán thuế doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế gì?

Các doanh nghiệp, sau một thời gian hoạt động kinh doanh, thường nhận được yêu cầu quyết toán thuế từ cơ quan thuế. Vậy thì, khi nào cơ quan thuế trực tiếp xuống công ty để thực hiện quyết toán? Trong quá trình quyết toán thuế doanh nghiệp, cơ quan thuế thường kiểm tra những nội dung gì? Cần chuẩn bị gì khi quyết toán thuế? Hãy cùng VAR eCOM tìm hiểu chi tiết qua bài viết này.

I. Quyết toán thuế là gì?

Quyết toán thuế là việc cơ quan thuế kiểm tra trực tiếp các hồ sơ, sổ sách của doanh nghiệp sau một thời gian hoạt động kinh doanh thực tế để xác định sự tuân thủ theo đúng pháp luật và các quy định về thuế. Mục đích là hướng dẫn doanh nghiệp khắc phục những vấn đề chưa tuân thủ đúng quy định của luật thuế, đồng thời ngăn chặn thất thoát nguồn thu cho doanh nghiệp và các khoản đóng góp cho Nhà nước.

II. Khi nào cơ quan thuế xuống quyết toán và kiểm tra doanh nghiệp?

Việc kiểm tra doanh nghiệp của cơ quan thuế diễn ra theo các trường hợp được quy định trong Quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14/07/2023, bao gồm:

• Kiểm tra dựa trên các hồ sơ khai thuế đã nộp.
• Kiểm tra khi phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật.
• Kiểm tra khi doanh nghiệp yêu cầu hoàn thuế.
• Kiểm tra theo kế hoạch hoặc kiểm tra chuyên đề (*).
• Kiểm tra theo kiến nghị từ kiểm toán nhà nước, thanh tra nhà nước hoặc các cơ quan nhà nước có thẩm quyền khác.
• Kiểm tra trong các trường hợp doanh nghiệp thực hiện:
  • khi doanh nghiệp thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi loại hình hoạt động.
  • Giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc thay đổi địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý.
• Kiểm tra đột xuất, bao gồm:
  • Khi có đơn tố cáo liên quan đến hành vi vi phạm thuế.
  • Theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế hoặc cấp trên trực tiếp.
  • Theo đề nghị của người nộp thuế: áp dụng khi doanh nghiệp thực hiện chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý.
  • Trước khi hoàn thuế: nhằm đảm bảo tính chính xác và hợp pháp của hồ sơ hoàn thuế.
  • Kiểm tra theo đề xuất sau khi đã kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế.
  • Các trường hợp kiểm tra đột xuất khác: khi có tình huống phát sinh đặc biệt theo chỉ đạo của cơ quan thuế.

➨ Như vậy, không phải tất cả các doanh nghiệp đều được cơ quan thuế quyết toán sau mỗi 5 năm.

(*) Ưu tiên lựa chọn doanh nghiệp để kiểm tra tại trụ sở dựa trên kế hoạch hoặc chuyên đề theo thứ tự rủi ro từ cao xuống thấp, xem xét các doanh nghiệp đã quá 5 năm chưa được thanh tra, kiểm tra thuế, đồng thời tránh trùng lặp với các doanh nghiệp đã có trong kế hoạch thanh tra thuế.

III. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra gì khi quyết toán thuế doanh nghiệp?

Theo quy định, khi quyết toán thuế doanh nghiệp, cơ quan thuế sẽ thực hiện các công việc sau:

Kiểm tra tờ khai thuế: Kiểm tra tất cả các tờ khai thuế đã nộp trước đó, bao gồm tờ khai thuế GTGT, thuế TNCN, thuế TNDN và các loại thuế khác (nếu có).

• Xác minh chứng từ nộp thuế: Đảm bảo tính chính xác của các chứng từ, hóa đơn, báo cáo thuế, biên bản kiểm tra thuế và các tài liệu liên quan đến quá trình nộp thuế của doanh nghiệp.
• Kiểm tra sổ sách và chứng từ kế toán: Rà soát sổ sách kế toán của doanh nghiệp để đảm bảo sự khớp với các tờ khai thuế đã nộp.
• Về niên độ kế toán: Xem xét quy trình kế toán trong thời gian cơ quan thuế kiểm tra, bao gồm xác định các sự kiện kế toán, ghi chứng từ và xác định các số liệu tài chính.
• Giải trình về các sai phạm: Doanh nghiệp cần cung cấp giải trình chi tiết về mọi sai phạm trong quá trình quyết toán thuế doanh nghiệp, nêu rõ lý do sai phạm và cách giải quyết.

IV. Doanh nghiệp nên chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế bao gồm?

Khi nhận được yêu cầu quyết toán thuế doanh nghiệp từ cơ quan thuế, bộ phận kế toán của doanh nghiệp cần chuẩn bị hồ sơ, chứng từ và các sổ sách kế toán một cách cẩn thận để phục vụ cho quá trình kiểm tra của cán bộ thuế.

Doanh nghiệp cần chú ý các quy tắc sau:

➨ Sắp xếp các chứng từ gốc

• Sắp xếp chứng từ gốc theo tháng/quý, theo thứ tự bảng kê thuế đầu vào và đầu ra. Các chứng từ này cần đi kèm với tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý đã nộp cho cơ quan thuế.
• Mỗi chứng từ hoặc nhóm chứng từ cần được đính kèm:
  • Hóa đơn bán ra cần kèm theo phiếu thu (nếu là thu tiền mặt), phiếu xuất kho, hợp đồng và biên bản thanh lý (nếu có).
  • Hóa đơn mua vào cần đi kèm với phiếu chi (nếu là chi tiền mặt), phiếu nhập kho, đề, hợp đồngn, nghị thanh toán và biên bản thanh lý/biên bản bàn giao (nếu có).
• Nếu bán hàng trả góp, cần kèm phiếu kế toán, phiếu xuất kho, hợp đồng và biên bản thanh lý (nếu có).

Lưu ý:

Tất cả các chứng từ phải có đầy đủ dấu và chữ ký theo chức danh. Mỗi tháng/quý (tùy thuộc vào số lượng chứng từ) cần tạo một tập hồ sơ riêng biệt có bìa đầy đủ để lưu trữ.

➨ Sắp xếp báo cáo đã nộp lên cơ quan thuế

Khi lưu trữ cần đảm bảo chứng từ của từng năm được gắn kèm với báo cáo tương ứng. Cụ thể:

Báo cáo theo kỳ (tháng/quý) gồm

• Tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý.
• Tờ khai khấu trừ thuế TNCN tháng/quý.
• Báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế (nếu có) tháng/quý.

Báo cáo theo năm gồm:

• Báo cáo tài chính.
• Hồ sơ quyết toán thuế TNDN và TNCN.
• Báo cáo hoàn thuế của từng năm (nếu phát sinh).

➨ Chuẩn bị sổ sách hàng năm

Chuẩn bị sổ sách hàng năm bao gồm:

• Sổ nhật ký chung, nhật ký bán hàng, nhật ký mua hàng.
• Sổ chi tiết và tổng hợp công nợ phải thu khách hàng, công nợ phải trả nhà cung cấp.
• Sổ quỹ tiền mặt và sổ chi tiết tiền gửi tại ngân hàng.
• Sổ cái của toàn bộ tài khoản, kèm sổ chi tiết tài khoản (theo hình thức nhật ký chung).
• Sổ tổng hợp biến động tăng giảm tài sản cố định (TSCĐ), công cụ và dụng cụ.
• Bảng khấu hao TSCĐ, bảng phân bổ chi phí trả trước, công cụ, dụng cụ.
• Bảng tổng hợp nhập – xuất – tồn kho và sổ chi tiết vật tư, hàng hóa (nếu phát sinh).

Lưu ý:

Tất cả các sổ sách phải được in ra, ký và đóng dấu đầy đủ, các số thứ tự của các phiếu được đánh và sắp xếp theo thứ tự.

➨ Sắp xếp hợp đồng kinh tế

• Sắp xếp hợp đồng đầu vào, đầu ra theo trình tự thời gian, chi tiết theo tên từng nhà cung cấp/khách hàng.
• Kiểm tra các tài liệu liên quan đến từng hợp đồng, bao gồm hợp đồng gốc, biên bản nghiệm thu/bàn giao và hồ sơ thanh lý hợp đồng (nếu có).
• Kiểm tra hợp đồng lao động và hệ thống thang bảng lương, đảm bảo ký kết đúng, đủ và nội dung đầy đủ thông tin theo quy định.
• Ngoài ra, xem xét quyết định về bổ nhiệm, điều chuyển công tác và tăng lương.

➨ Hồ sơ pháp lý

• Chuẩn bị đầy đủ giấy tờ pháp lý của doanh nghiệp (giấy đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đầu tư…) gồm bản gốc và bản sao công chứng (hợp lệ).
• ập hợp các công văn gửi và nhận từ cơ quan thuế.

➨ Kiểm tra chi tiết khác

• Đối chiếu số liệu giữa sổ chi tiết và sổ tổng hợp tài khoản.
• So sánh các nghiệp vụ kinh tế phát sinh với sổ định khoản: rà soát sự khớp đúng giữa hóa đơn đầu vào, hóa đơn đầu ra và sổ kế toán của doanh nghiệp.
• Đối chiếu công nợ với đối tác: khách hàng, nhà cung cấp.
• Kiểm tra dữ liệu nhập và khai báo thuế từ hóa đơn đầu vào, đầu ra với bảng kê khai thuế để bảo đảm thống nhất số liệu.
• Rà soát tính đầy đủ của chữ ký trên chứng từ.
• Kiểm tra bảng lương với sổ tài khoản 334, đảm bảo khớp số liệu; đồng thời xác minh hồ sơ cá nhân của người lao động đã đầy đủ hay chưa.

V. Câu hỏi liên quan đến quyết toán thuế doanh nghiệp

1. Doanh nghiệp khi thay đổi địa chỉ kinh doanh sang quận khác dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý thì có cần làm quyết toán thuế không?

Có. Nhưng trong một số tình huống, nếu doanh nghiệp chưa có doanh thu phát sinh thì không bắt buộc phải quyết toán.

2. Cơ quan thuế có định kỳ 5 năm sẽ tiến hành quyết toán tại đơn vị một lần hay không?

Không. Việc quyết toán dựa trên các trường hợp đã được nêu ở mục II của bài viết, do đó không nhất thiết là cứ 5 năm cơ quan thuế sẽ xuống đơn vị để quyết toán.

Lời kết

Qua bài viết trên VAR eCOM kết luận quyết toán thuế doanh nghiệp là hoạt động thường xuyên nhằm đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật trong kinh doanh. Doanh nghiệp cần chủ động nắm rõ các trường hợp cơ quan thuế có thể kiểm tra, đồng thời chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ để quá trình quyết toán diễn ra thuận lợi. Việc tuân thủ đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp tránh rủi ro xử phạt mà còn tạo uy tín và nền tảng phát triển bền vững.